Киньте доступ на e@ajenti.org (можно просто указать email в Configure > Users)

Сделайте пожалуйста, как я попросил - сначала удалите всю кастомную конфигурацию, убедитесь, что работает без нее. Потом добавляйте правила по одному. 
У меня каждый день одно и то же - люди приходят со своей проблемой, а потом не следуют инструкциям.

CC сайта - в "расширенные", СС контента - развернуть "расширенные" в контенте - и там поле. Так без rewrite'ов работает? Если да - то добавляем их по одному и смотрим, что именно ломает сайт. Вкладка FTP получается при установке одного из FTP-плагинов - ajenti-v-ftp-pureftpd или ajenti-v-ftp-vsftpd

Запостите еще полностью все что вставлено в Custom configuration + попробуйте сначала, работает ли сайт без этого

См. сначала Websites -> Configuration checks, потом /var/log/nginx/.....error.log.

Я извиняюсь, но вы пример читали? http://support.ajenti.org/topic/353409-setting-up-a-php-website-with-ajenti-v-wordpress-example/ - здесь на примере Wordpress все расписано

Так все же тут, на главной - http://support.ajenti.org/ -> чуть ниже: Ajenti V

Пожалуйста :)
Кстати, при установке в конфиге по умолчанию стоит 0.0.0.0.

Ваш кастомный location / используется вместо того, что вы настроили в Content. Его надо убрать из Custom Configuration, а содержимое вставить в Custom Configuration вашего Content'a. Таким образом и контент будет работать, и ваши rewrite'ы попадут внутрь него. Кроме того, можно всегда подглядеть в сгенерированный конфиг в /etc/nginx/conf.d/